Dominio hélice-giro-hélice (HTH, helix-turn-helix)

Este dominio está presente en procariontes, eucariontes y virus. Se integra por dos, tres o hasta cuatro segmentos peptídicos en alfa-hélice, con un diámetro de 1.2 nm cada uno, unidos entre ellos por una sección flexible Imagen. Una de las hélices, la de reconocimiento, se inserta en el surco mayor y las otras dos o tres se colocan perpendiculares y exteriores al DNA.

Varias bases del nucleico pueden “reconocer” a un aminoácido, varios aminoácidos a un par de bases y algunos aminoácidos de una hélice se unen a los de otra. Dos proteínas que tienen dominios HTH son el dímero CAP (del inglés Catabolite Activator Protein), también llamado proteína receptora de AMPc, que activa a numerosos genes como los genes del operón de lactosa, y el gen Cro del fago lambda, que actúa como represor del ciclo lítico. También la histona H5 tiene un dominio HTH que se une al DNA mediante enlaces de hidrógeno, interacciones de Van der Waals o electrostáticas.