Las RNPnp U

Para este corte y empalme intervienen principalmente las RNPnpU de tipo U1, U2, U5 y U4/U6 Imagen. El corte se inicia en el lado 5’ cuando la U1 se une al extremo 5’ del intrón (GU). La guanosina libre del extremo GU del intrón, forma un bucle al pegarse a la adenina que está en la zona de ramificación del intrón. La U2 se une al sitio de unión GU/zona de ramificación (A) con gasto de ATP y la presencia de un cofactor. Después las U5 y U4/U6 se unen con gasto de ATP al extremo 3’ del intrón (AG).

Es decir, primero se corta por el lado 5’ intrón, y después el lado 3’. Queda libre el intrón y pegado a U1, U2, U4/U6 y U5, finalmente se reciclan sus componentes o se degrada de manera autocatalítica. Estos cortes  liberan el extremo 3' del exón a su izquierda, y después el extremo 5' del siguiente exón, que son empalmados.

Por lo tanto en dos etapas sucesivas se hace el corte de intrones y el empalme de exones, para finalmente constituir el RNA maduro (que en microscopio de transmisión de electrones se ven como gránulos pericromatinianos). Este mecanismo permite que mediante el corte de ciertos intrones y el empalme de ciertos exones que derivan de la trasncripción de un gen, se produzcan diferentes proteínas (isomorfas, modificadas, inactivas) a partir de un mismo preRNAm Imagen. Lo anterior se conoce como procesamiento alternativo (alternative splicing) y se ha relacionado con los mecanismos de diferenciación celular.