Filogenia molecular
Una de las fuentes de la evolución es la mutación Imagen. La acumulación de mutaciones en una población biológica depende de diversos factores (internos y externos), así como de las secuencias de nucleótidos anteriores. Estos cambios pueden originar secuencias que son expuestas a los mecanismos de selección natural. La selección elimina a la mayoría de ellas, pero favorece a algunas pocas que se fijan en las poblaciones y sustituyen a las previas. Su análisis molecular permite demostrar un origen común, y al no ser idénticas entre las especies pueden ser comparadas para establecer los lazos de parentesco y la filogenia entre ellas.
En los primeros estudios de biología molecular evolutiva, se analizó la secuencia de aminoácidos de las proteínas, como la del citocromo c Imagen, sin embargo, los resultados no permitían detectar los cambios silenciosos (sustituciones de una base del codón sin consecuencias, por ejemplo de CUU = Leu por CUA = Leu). Posteriormente, se logró una mejor capacidad técnica y discriminatoria para analizar las secuencias de los nucleótidos del DNA y del RNA. El RNA 5S es una molécula de aproximadamente 120 nucleótidos, que es parte de los ribosomas y ha mostrado ventajas para hacer estas comparaciones, ya que su ritmo de evolución es lento. Con la secuencia de esta molécula, se pueden comparar especies evolutivamente muy alejadas, considerando además que este RNA está presente en todas las especies, en las mitocondrias y en los cloroplastos.
Los resultados de la comparación entre los nucleótidos y proteínas de diferentes especies ha permitido construir cladogramas (árboles filogenéticos) para las diferentes moléculas y grupos taxonómicos. Sin embargo, estos árboles pueden mostrar discrepancias, con los métodos clásicos que se apoyan en la anatomía y paleontología, debido a que el sistema tiene las tres imperfecciones siguientes:
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