En el nucléolo, el RNAr se une a proteínas para formar las subunidades 40 y 60S Imagen. Se ha demostrado in vitro que las proteínas y el RNAr son capaces de formar ribosomas funcionales. Esto permitió conocer el papel catalítico e indispensable del RNAr de la subunidad 60S como ribozima, para que se lleve a cabo la reacción peptidil-transferasa que provoca la unión peptídica entre los aminoácidos. Se ha demostrado que la unión peptídica depende en 90% del RNAr y de sólo algunas de las proteínas que constituyen a las subunidades ribosomales. Estudios llevados a cabo con la ribozima RNAr del protozoario Tetrahymena demostraron que ésta cataliza la unión de aminoácidos al RNA, lo que hace suponer que las aminoacil RNAt sintetasas pudieron ser originariamente sólo RNA.