En términos generales, la síntesis de proteínas ocurre de manera similar en todos los organismos, a excepción, como se acaba de mostrar, en el inicio y ensamblaje del aparato ribosomal.

En cada ribosoma eucarionte hay dos sitios: P (peptidil) y A (aminoacil) en sentido 5’→3’, que son ocupados alternativamente por los aminoacil-RNAt; en procariontes existe un tercer sitio, E (exit), a través del cual sale el RNAt descargado.

La síntesis de proteínas continúa: El RNAt metionil está ocupando el sitio P. El aminoacil-RNAt que seguirá forma un complejo con el factor de crecimiento eEF-1αGTP (EF-Tu en procariontes), y se unen al sitio A del ribosoma. Entonces se hidroliza el GTP y se libera el complejo eEF-1αGDP, que será regenerado por el factor eEF-1bg y GTP (EF-Ts en procariontes) Animación.

En el ribosoma se lleva a cabo la formación del enlace peptídico entre los dos aminoácidos unidos a los RNAt en los sitios P y A, mediante la transferencia de la metionina del RNAt al grupo amino del siguiente aminoácido. El grupo alfa-amino del aminoácido que ocupa el sitio A lleva a cabo un ataque nucleofílico, desplazando al RNAt del sitio P para formar el enlace peptídico. Se obtiene entonces un RNAt dipeptidil en el sitio A y el RNAt recién descargado permanece unido en el sitio P. Una vez formado el enlace peptídico, el factor eEF-2 (EF-G en procariontes) interviene en el movimiento de translocación del ribosoma: El RNAt desacilado pasa de ocupar el sitio P a ocupar el sitio E en procariontes, mientras que en eucariontes se elimina directamente desde el sitio P; el dipeptidil RNAt pasa del sitio A al P y el siguiente codón del RNAm queda expuesto en el sitio A, que está libre para recibir al siguiente aminoacil RNAt.