Ejemplos del control de la transcripción

El genoma del fago lambda tiene dos operadores que controlan los procesos de su transcripción de manera divergente (ciclo lítico y ciclo lisogénico). El operador OR está formado por tres regiones en dirección 5’→ 3’, de 17 pb cada una: OR3, OR2, OR1, flanqueadas a la derecha por el gen lítico Cro, que codifica para el inductor Cro y su promotor PR; a la izquierda por el gen lisogénico cI, que codifica al represor cI y su promotor PRM.

Ciclo lítico
El inductor Cro es un dímero con alta afinidad a OR3, se une a él y bloquea al promotor PRM del gen cI. Posteriormente, otros dímeros Cro se unen a los sitios OR2 y OR1, activando al promotor PR que produce Cro, éste activa genes que producen nuevos fagos, así como la lisis del hospedero Imagen.

Ciclo lisogénico
El represor cI es un homodímero que se une al sitio OR1. Cada monómero del represor cI tiene dos hélices alfa. Una de ellas, “la hélice de reconocimiento” se une específicamente al surco mayor de OR1; la segunda hélice se coloca transversalmente al surco mayor, y perpendicular a la primera hélice alfa. Un segundo dímero se une cooperativamente a OR2. Esto impide que la RNApol se una al gen lítico Cro que está a la derecha del operador. Por el contrario, esa unión facilita que esta enzima se una al promotor PRM del gen cI, por lo que se inicia la síntesis del RNAm para cI Imagen.

En otros organismos, tanto procariontes como eucariontes, se ha demostrado que este tipo de cooperación ayuda a la unión de las proteínas reguladoras, ligadas a la RNA polimerasa, con un cofactor (proteínas auxiliares) y sitios intensificadores o activadores lejanos al operador. En esos casos el DNA se pliega, como ya se ha descrito, y permite la unión de promotores con secuencias distales.