En eucariontes, la cantidad de DNA no está directamente relacionada con el número de genes activos, ni con su regulación. Así, en anfibios y frijoles hay un contenido de DNA mayor (3 x 10 a la10 pares de bases) que en seres humanos (3 x 10 a la 9 pares de bases) y sin embargo, son obvias las diferencias en complejidad entre estos organismos. En general, los eucariontes tienen genomas mucho más grandes que los procariontes, con la excepción de algunas algas verdes endosimbiontes o parásitas, que tienen genomas muy reducidos. En concreto, el genoma eucarionte más pequeño secuenciado es el de Guillardia theta, un alga roja simbionte, de tan sólo 0.55 megabases (Mb). También hay un rango muy amplio y mucho mayor de tamaños, que en procariontes, de hasta más de 80,000 veces, desde organismos como la levadura (1,2 Mb) hasta la ameba (686,000 Mb) Imagen.
Se ha demostrado que sólo 1-5 % del DNA es activo o codificante. Este DNA está involucrado en la síntesis de proteínas y en la regulación génica, mientras que el resto del DNA contiene secuencias repetitivas, secuencias no codificantes, secuencias espaciadoras entre los genes, etc., cuyo papel está siendo investigado pero que constituye una abundante fuente de información acerca de la evolución de las especies.