Enlaces de hidrógeno

En la doble hélice del DNA se aparean las bases por enlaces de hidrógeno que son en número de dos entre A y T,  y tres entre C y G cuando el pH ≈ 7. Estos enlaces se presentan siempre entre dos átomos del N del anillo y entre los grupos exocíclicos amino y carbonilo Imagen.

Los puentes de hidrógeno entre las bases A y T se dan entre N3 de T con N1 de A, y el carbonilo en C4 de T con el amino en C6 de A. Los enlaces en C y G son entre N3 del C y N1 de G, el amino en C4 de C con el carbonilo en C6 de G y el carbonilo en C2 de C con el amino en C2 de G. La polaridad de la cadena está dada por un esqueleto polinucleótidico con el extremo 5'→3’ unido por enlaces de hidrógeno con otro, con polaridad 3’→5’. Por lo anterior los esqueletos polinucleotídicos o bandas son antiparalelas.